Quarantatré anni, laureato in storia contemporanea, Simone Naldoni è presidente della Società della Salute Nord Ovest dal settembre 2004.

E’ sposato con Stefania, ha tre figli e abita a Sesto Fiorentino.

Nel settembre 2006 diventa responsabile Area Welfare Anci Toscana.

Due mesi dopo, nel novembre 2006, assume l’incarico di presidente di Federsanità Anci Toscana, l'associazione di aziende sanitarie e ospedaliere che opera con gli enti locali e le articolazioni aziendali del sistema sanitario regionale e nazionale.

Naldoni è stato segretario comunale dei Ds dal 1997 al 2001.

Nel giugno del 2001 è nominato assessore dal sindaco di Scandicci, Giovanni Doddoli.

Viene riconfermato nella giunta di Simone Gheri, attualmente con le deleghe ai servizi sociali, sanità, politiche per la casa, farmacie e cimiteri.